1922年6月，因陈炯明叛变，孙中山被迫离开广州赴上海。1923年1月，表示服从孙中山的粤、滇、桂等军队组成讨贼军，将陈炯明叛军逐出广州，2月，孙中山从上海回到广州第三次在广州建立政权，重建陆海军大本营，以大元帅名义统率各军，开展重建广东革命根据地的工作。

此时，正值直系军阀曹锟、吴佩孚打败了皖系、奉系军阀，控制了北洋政府。直系军阀迷信“武力统一”，企图联合陈炯明、沈鸿英等人，消灭广东的革命势力。

陈炯明被逐出广州后，一面向直系军阀求援，一面指使自己的旧部假装投降，静待时机，以图“东山再起”。因此，当孙中山派干部和部队进驻东江地区时，陈炯明叛军将领果然纷纷向孙中山表示“悔过”，并表示愿意接受“改编”。

4至5月间，孙中山亲自指挥讨贼军击溃了受直系军阀支持的沈鸿英叛军对广州的进攻，成功粉碎了直系军阀利用沈鸿英“武力统一”广东的阴谋。

在沈鸿英叛变后不久，在直系军阀的指示下，陈炯明以为时机已到，立即命令手下重举叛旗，突袭驻扎东江各地的讨贼军部队。5月中旬开始，孙中山又亲自指挥讨贼军各部征讨再次叛变的陈炯明旧部，与叛军在博罗、惠州等地激战。

10月5日，直系军阀头子曹锟通过贿选成为“总统”。10月10日，曹锟“就职”，还颁发了一部所谓“宪法”。曹锟的贿选与“制宪”，严重践踏了民国元年的《临时约法》及其规定的国会制度。孙中山以中国国民党名义发表宣言，揭露曹锟贿赂窃位的罪行，又以大元帅府名义下令讨伐直系军阀，并指出：“今日欲解决时局，除非扫除军阀，方为根本解决。”

直系军阀为了对抗孙中山和其领导的广州革命政府，向陈炯明叛军输运了大批武器弹药和金钱，还协助陈炯明从香港潜返东江，主持“全面反攻”。

得到直系军阀接济的叛军实力大增，于11月击败讨贼军。讨贼军组织反攻，想挽回颓势，但随着反攻失败，石龙、石滩相继失守，叛军大举迫近广州。

孙中山于12日从前线返回广州后，临危不惧，指挥若定。他首先对讨贼军各部进行收容整顿，布置广州防务：派部队坚守白云山、龙眼洞、瘦狗岭、观音山等险要地区，并电令驻防增城守军坚守增城；同时调集湘军谭延闿及驻粤北的豫军樊钟秀部等军星夜兼程赶到广州，参加作战；又偕同苏联顾问赴虎门要塞巡视，动员海防舰队备战。经苏联顾问的建议及中国共产党人的发动，广州工农群众纷纷组织起来，“报名加入广州的守卫队并协助军队”保卫广州。

17日，陈炯明叛军洪兆麟、杨坤如部直抵广州近郊石牌、瘦狗岭、黄埔一带，距离广州市区仅约二十里。另一支叛军林虎部被增城守军阻击，不能渡过增江。洪兆麟认为广州唾手可得，于是不等林虎部到来，就于18日沿广九铁路向广州守军进攻。危急关头，孙中山亲自指挥各军奋勇杀敌，守城军士打退了敌人一次又一次的进攻。19日，豫军樊钟秀部由韶关乘火车赶到，在黄沙车站下车，孙中山亲自迎接，并命令该部跑步赶赴战场。

此时，前线讨贼军正在和洪兆麟部叛军激战，豫军樊钟秀部迅速包抄敌人后方，突然发起攻击。叛军见有生力军杀入，顿时乱了阵脚，接着湘军谭延闿部也赶到战场，加入战斗；同时，海军军舰也由海面发炮协助作战，各部很快扭转了战局，将洪兆麟部叛军击溃。林虎部久攻增城不下，只得绕道龙眼洞向广州开进，途中听说洪兆麟、杨坤如部已被击溃，也连忙向后撤退。

11月20日，讨贼军分途出击，一部沿广九铁路追击敌军至石滩，豫军樊钟秀部追至石碑之东，同时，讨贼军许崇智部、李福林部、杨希闵部也在龙眼洞附近追上了林虎部叛军，并给予沉重打击，更追击至增城以东，一举解除了叛军对广州的威胁。自此，陈炯明叛军损失惨重，再也无力进犯广州。

击溃叛军后，孙中山立即主持召开国民党临时中央执行委员会第七次会议，讨论党纲、创立军校，筹备国民党全国代表大会等问题，并决定设立三个委员会分别调查农民、中产阶级、工人的状况，以便为起草土地法令、中产阶级的法令、劳工法做准备。