1913年“二次革命”爆发，广东革命党人纷纷宣布讨袁。袁世凯任命龙济光为广东宣抚使，令其镇压革命党人。8月，龙济光进入广州，大肆屠杀革命党人，下令悬赏通缉朱执信、邓铿等革命党人。11月，朱执信派革命党人携运武器至广州，秘密准备起义，不幸事泄，被龙济光镇压。

袁世凯镇压了“二次革命”后，加紧复辟帝制，革命党人纷纷策划反袁举义。朱执信、邓铿也于此时先后返回广东，积极筹划讨伐龙济光的斗争。朱执信不辞劳苦，历尽艰辛，常常来往于广州、南海、佛山等地发动民军和绿林豪杰，筹划起义。经过努力，各地民军多被朱执信说服，表示愿追随朱执信，甚至龙济光所部一些官兵也愿意倒戈相从。

11月5日，朱执信亲自指挥起义。起义前，朱执信采取声东击西的战术，派人在广州散播起义军即将攻打广州的消息。龙济光果然中计，将各地部队大批调回广州。11月11日清晨，战斗打响了，民军毙伤龙济光部数百人。高州等地的革命党人也纷纷起义，攻占了很多城镇，但终因枪械不足、弹药短缺，起义失败。

此后，朱执信继续领导“讨龙”行动。他往返于港澳之间，并先后几次派出代表，动员驻肇庆的李耀汉部队和广州的李福林部队寻机起义；又派出钟明光等前往广州，伺机刺杀龙济光。1915年7月17日，龙济光被炸伤，钟明光被捕，后惨遭杀害。

1915年11月，朱执信赴日，向孙中山报告广东起义情况，讨论如何进一步开展“反袁讨龙”斗争，在廖仲恺的介绍下，朱执信加入中华革命党。12月2日，孙中山委任朱执信为中华革命军广东司令长官，并写信给广东地区的革命党人，要求他们“各事可听执信计划而行”。

朱执信于1915年12月中旬返回澳门，秘密建立革命机关，继续领导广东地区的“反袁讨龙”斗争。12月25日，蔡锷、唐继尧、李烈钧在云南发起护国运动，宣布云南独立。朱执信等人积极布置全省各地的武装起义，“或沟通军队，或联络民众，此仆彼继，再接再厉”。

袁世凯称帝后，封龙济光为“一等公加郡王衔”，并命令他调动精锐经广西进攻云南，被李烈钧率领的护国军击败。朱执信为配合护国军的行动，立即发动广东革命党人、民军起义，并准备攻打广州。1916年2月5日，朱执信率民军数千人聚集于石湖村。龙济光得到密报，立即调遣精锐部队前往镇压。8日，民军与龙济光部展开激战，重创龙济光部。不久，龙济光的援军携带大炮赶到，向石湖村猛烈炮击。9日凌晨，在敌强我弱的形势下，朱执信下令撤退。随后，朱执信又对撤退部队进行整编，准备再战。

不久，朱执信又策划袭击黄埔炮台和停泊黄埔港的北洋海军军舰肇和号的行动。经朱执信等的劝说，李耀汉部在肇庆通电反袁，并以中华革命军为友军，钦廉、潮汕驻军相继宣布独立。与此同时，广西督军陆荣廷也宣布参加护国军，将进入云南的龙济光部全部缴械。龙济光为了自保，不得已于4月6日宣布广东“独立”，又宣布加入岑春煊的两广都司令部，实际上却并不服从调动。

广东“独立”后，由于龙济光恶行昭彰，广东军民纷纷要求他下台。龙济光被迫停止对革命党人、民军的“征剿”。4月下旬，他命令李福林与朱执信“议和”，但暗地里扩军备战，准备偷袭中华革命党人和民军。

朱执信识破龙济光的阴谋，立即派人前往肇庆同护国军代表联系，商议了“讨龙”的具体步骤。经研究，朱执信决定兵分东、西、北三路，直取广州：东路为朱执信、邓铿所率领的中华革命党，西路为陆荣廷所率的桂军和李耀汉所率的肇军，北路为李烈钧所率的滇军。6月，由朱执信、陆荣廷、李烈钧率领的东、西、北三方面兵力包围了广州。

此时，袁世凯死去的消息传来，接着，北洋政府委任陆荣廷取代龙济光为广东都督，龙济光率残部逃往海南岛。朱执信则遵照孙中山的指示，结束了中华革命军在广东的活动。