1949年2月，民进主要领导人进入北平，随即正式组建总部机构并恢复理事会正常活动。当年6月19日，经总部批准，民进上海分会正式成立，赵朴初任副主任理事。

新中国成立后，中国民主促进会中央机关设在北京。当时赵朴初的工作重点虽然在宗教事务方面，但民进的重大活动及重要决策他一直参与其中。

1953年初，民进中央决定委托赵朴初帮助筹建民进南京分会，赵朴初感到责任重大，因为新中国成立后，民进还没有在地方上建立分会。赵朴初马上与中共南京市委统战部取得联系，经过几个月的认真协商研究，事情终于有了结果。中共南京市委统战部致函赵朴初，信中说：“前嘱协助中国民主促进会物色人选，准备在南京筹建组织，已初步与胡颜立、司晓南、桂庆和、顾雍和、金光灿等商量同意，兹将他们所填入会申请共五份，申请审核。”8月18日，赵朴初将5人申请呈报民进中央，很快得到批复。赵朴初于9月24日致函中共南京市委统战部，胡颜立等5人已成为南京市最早一批民进会员。

当年10月26日，赵朴初专程从上海赶到南京，召集胡颜立等5人开会，宣布成立民进上海分会南京筹备小组。后来，在赵朴初的指导下，民进在南京又先后发展了20多名会员，特别是发展了金陵女子大学校长吴贻芳入会，影响甚大。1955年10月，民进南京分会正式成立。

民进南京分会的成立，赵朴初花费了很多心血。至今，民进南京组织的档案中尚存有赵朴初手写函电50件，包括致中共南京市委统战部两件，致民进总部24件，致南京筹备组24件。

1994年，赵朴初在《贺民主促进会南京委员会成立四十周年》中写道：“北辰星拱，钟山云作。民主旗开，声教远播。四十曰强，四十不惑。”既表达了自己的欣喜之情，又对南京民进的发展提出了新的希望。