近年来，中央和地方积极探索一体化机制，促使长江流域生态环境保护发生了转折性变化，但长江生态环境保护的结构性和趋势性压力尚未根本缓解，部分区域、领域的生态环境问题和治理短板依然突出。为此，建议：

推进流域一体化协同共生发展。深入实施《中华人民共和国长江保护法》，将法律执行、流域综合管理、部门与地方责权调整相结合，并将“河湖治理”权责分配法治化。遵循流域系统的整体性，统筹治理山、水、林、河等，实现人口、资源与环境协调发展。提高自然—经济—社会的协同性。

加强重点生态保护区治理修复。深入实施长江全域绿化行动，加强长江防护林体系建设。加大重要生态安全屏障的保护力度，增强水源涵养和水土保持等生态功能。划定生物多样性保护优先区域，提升长江湿地生态系统稳定性和生态服务功能。加大生态和生活岸线保护力度，将岸线开发利用与治理保护有机结合。整合港口资源，合理减少港口空间。

创新上下游生态补偿机制。增加区域均衡性转移支付分配的生态权重，促进区域基本公共服务均衡化发展，实施长江经济带生态保护修复奖励政策，引导社会资本参与生态建设。建立流域水流科学调度机制，试点水权交易，开展碳排放权、排污权、取水权、用能权等交易。探索流域绿色福利供给的社会成本共担机制，逐步扩大市场机制在生态产品生产和环境污染治理领域作用。

完善水环境监测监管技术。构建跨区域一体化环境风险实时监测预警系统。提升水环境监测感知与生态环境数据标准化水平，完善流域生态环境监测数据的交互共享、动态更新、统筹整合机制。提升水环境风险模拟与污染溯源能力，提高生态环境问题自动快速识别能力，构建长江流域水环境质量模拟预测与决策支持系统。