1931年11月，中华苏维埃共和国临时中央政府成立后，为解决苏区军民的看病问题，组织创立了专门的医疗机构，并迅速建立起从中央到地方、从军队到政府的卫生管理体系。

中央军委成立了总卫生部，下设总务处、医政局、保健局、卫生材料厂、医院政治部。苏区政府设立卫生管理局，专门负责人民卫生健康事业。在中央内务人民委员部内设立卫生管理局，下设药品药材科。随着形势发展的需要，卫生管理局将药品药材科升格为药品管理处，主要负责苏区药品药材的生产、供应、调拨、管理、检查与监督工作。

为了加强药品药材管理，中央政府、中央军委卫生部门先后颁布《卫生运动指南》《传染病预防条例》等文件，对药物购销、生产、使用、保管、发放、供应、监督等工作作出了明确规定。从1933年起，中央苏区各级地方政府成立了卫生运动委员会，省、县设立卫生部，区、乡设卫生委员会和卫生员，管理辖区的卫生行政、卫生建设和卫生教育等事务。中央、省、县、乡医疗卫生机构免费给群众看病，教育红军指战员和人民群众破除陈规陋习，讲究卫生，坚决同一切不卫生习惯作斗争。

为了培养药品专门人才，红军卫生学校（前身为军医学校）每期招生都会招收药剂、司药专业学员。中央药材局也多次举办药品材料加工生产培训班，苏区卫生部门为此组织人员编辑印发了大量包括有药物学知识介绍的教材。受训学员中的许多人后来成为医疗卫生战线的领导、骨干和专家。

中央红色总医院成立后，除有诊察室外，还设有手术室、药房、化验室、中草药制剂车间、放射室等。医院除收治病人外，还自行生产、制作一般的卫生材料、中草药剂等，化验有关药品的性能与质量，防止中毒受害。此外，中央苏区还先后建立了10所后方医院、10所预备医院、6所兵站医院，2所残废医院和1个疗养院，约能收容伤病员两万多人。这些医疗机构内都有专门的药品药材管理科室。

中央苏区成立之初，为了解决苏区军民药品药材供给紧缺的困难，主要采取三种方式应对：上山采集、战场缴获、通过地下交通员从国统区秘密购买。1932年10月，临时中央政府在瑞金创办了中央卫生材料厂。厂部设生产、技术、采购、检验、保管、供应等科室，并根据生产种类划分了制药、敷料、酒精、水剂、器材等车间，工人与技术人员最多时达200余人。该厂克服重重困难，很快生产出丸、散、膏、丹各类药品以及酒精、敷料、手术刀、镊子、钳子、打丸机、压气机、蒸气消毒机，并将产品分送各红军医院使用，在很大程度上缓解了中央苏区医疗器械和药材供应困难。