当前，种子管理法律体系还不完善，执法体制存在一些乱象。新修订的种子法内容虽较全，但很多属于原则性条款，具体规范有待对应的行政法规、部门及地方性规章进行补充。

特别是在涉及种子的法律中，存在新上位法和旧下位法内容冲突现象，如种子法和《中华人民共和国植物新品种保护条例》都对假冒授权品种行为处罚作了规定，但在处罚力度上不一致。对种质资源出口管制措施过于严格，一定程度上也限制了国内种子企业做大做强。国内大型种业公司一方面享受国家“走出去”政策优惠，另一方面在目标国投资设厂时遭遇严苛的对外投资审批“拦路虎”。此外，涉及种子执法工作的部门规章和地方性规章相对繁多，执法工作却主要由农业农村部统筹管辖，基层区县在种子执法、管理机构设置上存在较多问题，造成执法工作多头管理、职责混乱，缺少部门间协调和监督制约，不利于形成种子市场“大治理”格局。对此，建议：

一是尽快制修订相关制度，明确基因编辑管理制度，抢占种业科技制高点。二是全面对接国际植物新品种保护公约1991年文本，建立实质性派生品种制度，尽快出台新版《中华人民共和国植物新品种保护条例》。三是在法律制修订过程中，注意加强部门协作，争取制定多部门联合出台的制度规定，制定警告、公开约谈等梯度化的处罚措施，提高罚则的可执行性。