1938年9月，陶行知决定创办一所“难童学校”，专门接收和培育那些流落街头的难童。

1939年7月，从香港回到重庆不久，陶行知便在重庆合川县地处偏僻的古圣寺创办了一所难童学校，取名“育才学校”，并担任校长，学生中有革命烈士的遗孤，也有流落街头无家可归的孩子。学校虽然条件艰苦，却吸引了很多知名学者前来教学和兼课。音乐家贺绿汀、电影艺术教育家章泯、诗人艾青、舞蹈家戴爱莲、画家陈烟桥等分别担任各组主任，翦伯赞、何其芳、丰子恺、田汉、姚雪垠等知名学者也常来学校兼课，学校师生最多时有160多人。

由于学生人数不断增多，育才学校的办学经费经常捉襟见肘。陶行知经常要四处奔波筹集办学经费，还写信向各界人士求援。梁漱溟、陈嘉庚、李公朴、赵超构等民主人士都给育才学校寄过钱和物，周恩来、邓颖超等革命家也多次派人送来办学所需的物资。尽管有各界援助，陶行知的办学之路还是步履维艰。

一次，运送物资和粮食的汽车在路上遭遇日军，不得不绕道多走了几天的路程。而此时育才学校已经钱尽粮绝，百余名师生面临断炊挨饿的局面。陶行知情急之中把衣柜里几件八九成新的呢料大衣和裤子拿去县城的当铺，换成钱买了粮食和蔬菜，总算解决了全校师生一天的口粮。

陶行知能筹集到的办学经费越来越少，他不得不频频光顾当铺，当一些私人物品以解燃眉之急。后来陶行知家徒四壁，仅剩下一套衣服。每次洗了衣服后，由于没有别的衣服可替换，陶行知冬天就围着被子在床上看书，夏天就光着膀子在桌子前写字。等衣服晾干后，再穿上去给学生们上课。

育才学校坚持办了7年，直到抗战胜利、内战爆发时才被迫终止。7年间，育才学校共招收了600多名难童学生，后来，其中300多名学生参加了地下党，43名学生参加了华蓥山游击队，有21名学生成了革命烈士。